微生物技术

该技术为传统测定方法，广泛用于大量样本的兽药残留的初步筛选，具有操作简单、价格低廉、不需要精密仪器等特点，但同时存在灵敏度低、易受干扰、无法对具体的药物残留定性鉴别确认等缺点，例如微生物生长抑制法、微生物受体法和酶比色法等。

免疫分析技术

该技术方法是指利用抗原抗体特异性结合反应来进行检测的分析方法，具有高度的选择性和灵敏度，分析过程简单、快速，成本低、容量大、可同时进行大批量样本检测等优点，已被广泛应用于对大量化合物的检测，但该技术容易产生假阳性，需要对阳性结果进行验证。例如酶联免疫吸附分析（ELISA）、胶体金免疫测定法（GICA）、荧光免疫分析法、化学发光免疫分析法等。

色谱分析技术

兽药残留中常用的色谱技术有高效液相色谱（HPLC）、气相色谱（GC）和薄层色谱法（TLC）。其中HPLC操作简单，但灵敏度不高，某些残留检出限达不到要求，GC灵敏度高，但大多数兽药极性或沸点偏高，需繁琐的衍生化步骤，TLC操作简单、效率高，能够同时完成多个样品的检测，分析成本低，但是灵敏度不高，分辨率较低。

仪器联用分析技术

色谱仪有很强的分离混合物的能力，但是对化合物的定性能力差，而质谱分析试样必须是高度纯净物，而质谱本身无法分离混合物，但是用来测定化合物的相对分子质量和化学结构是一个优良的定性工具，因此，两者联合使用具有分离、定性、定量一体，灵敏、准确、选择性高的特点。是国际公认的兽药残留检测确认方法，如GC-MS，LC-MS等。