（1）食品大多数为天然化合物故所含成分复杂；

（2） 目标化合物限量标准越来越严格，对检测限要求也越来越低；

（3） 一些待测物与食品中所含其它成分相似，容易出现假阳性现象；

（4） 各目标化合物的性质如极性、沸点、热稳定性等差异较大；

（5） 可能存在多种有害的待测组分，会对人类身体伤害产生协同作用。例如狄氏剂、DDT等农药与多联苯共同存在时，会使毒性增加一倍，因此各国十分注重食品中多组分危害残留物质现场调查。